Ponieważ ten stan rzeczy utrzymywał się nadal, władze zdecydowały o rozpoczęciu procesu beatyfikacyjnego Ojca Szarbela, oraz dwóch innych członków zakonu. Byli to Ojciec Nemetallah Kassab al-Hardini, ojciec duchowny Ojca Szarbela – jak to później zobaczymy oraz Siostra Rafqa Ar-Rais. Przełożony Generalny, Opat Ignatius Dagher udał się w 1925 r. do Rzymu z prośbą do Jego Świątobliwości Papieża Piusa XI o uruchomienie procesu kanonicznego wobec trzech członków zakonu.
Ojciec Święty udzielił zgody i polecił aby podjąć badanie cnót i cudów związanych z tymi Sługami Bożymi. Teraz stało się powinnością Patriarchy przewodniczenie badaniu w zgodzie z prawem kanonicznym.
Została utworzona komisja. Została zwołana po raz pierwszy w dniu 4 maja 1926 r. Zdecydowano, że ciało musi zostać przeniesione do nowego miejsca spoczynku aby zapobiec okazywaniu kultu przed oficjalną decyzją, która mogła nadejść z Rzymu. Dnia 24 czerwca 1927 r. , zwłoki Ojca Szarbela, zostały raz jeszcze ekshumowane w obecności ogromnego zgromadzenia ludzi. Został ubrany w kapłańskie szaty liturgiczne, głowa została zakryta wełnianym kapturem. W wygłoszonym przemówieniu opowiedziano o jego pustelniczym życiu, śmierci i dwóch poprzednich pogrzebach. Została także wspomniana ewentualna możliwość beatyfikacji. To sprawozdanie podpisane i opieczętowane pieczęcią Komisji Beatyfikacyjnej zostało umieszczone w metalowym cylindrze razem ze świadectwami lekarskimi opisującymi stan ciała w tym czasie. Wszystko zostało kontrasygnowane przez członków Komisji i złożone wraz z ciałem do nowej drewnianej trumny, która została zamknieta w drugiej, cynkowej. Oficjalne pieczęcie zostały założone na białej taśmie.
Podwójna trumna została umieszczona w nowym grobie, który został wykonany w ścianie krypty. Dwa duże kamienie oddzielały trumnę od kontaktu z ziemią. Dokładnie zabetonowane wejście dawało dodatkowe zabezpieczenie. Zostało umieszczone epitafium przypominające ważne daty z życia Szarbela, od narodzenia aż do 24 czerwca 1927 r.