Św. Charbel Makhlouf urodził się 8 maja 1828 r. w Bekaa-Kafra, w północnym Libanie, jako piąte dziecko biednej ale bardzo religijnej rodziny libańskich chrześcijan obrządku maronickiego. Na chrzcie otrzymał imię Józef (Youssef). Jeszcze jako chłopiec przyszły święty wyróżniał się wielką pobożnością i zamiłowaniem do modlitwy, a sprzyjała temu rodzinna atmosfera wypełniona miłością i modlitwą oraz ciężka praca. Swoje powołanie do życia zakonnego św. Charbel zaczął realizować w wieku 23 lat wstępując, wbrew woli rodziny, do maronickiego klasztoru w Mayfouk, gdzie odbył nowicjat. Po dwóch latach został przeniesiony do klasztoru św. Marona w Annaya, gdzie w 1853 r. złożył śluby zakonne i przyjął zakonne imię Charbel - imię antiocheńskiego męczennika z I w. Przełożeni skierowali następnie ojca Charbela do klasztoru w Kfifan gdzie na tamtejszej uczelni przez kilka kolejnych lat studiował filozofię i teologię. Spotkał tam wielu wybitnych przedstawicieli Kościoła Maronickiego, którzy zarówno swą wiedzą jak i pobożnością i ascetycznym życiem wywarli na niego wielki wpływ. Jego nauczycielem i ojcem duchowym był Nimatullah Kassab Al-Hardini, świątobliwy zakonnik maronicki, asceta, filozof i myśliciel, beatyfikowany w 1998 r. przez Jana Pawła II.
Po odbyciu studiów i otrzymaniu święceń kapłańskich ojciec Charbel wrócił do klasztoru św. Marouna w Annaya gdzie przebywał do 1875 r. Głównym celem jego zakonnego życia było własne uświęcenie poprzez zjednoczenie się z Bogiem. Temu służył niezwykły, nawet jak na zakonnika, tryb życia wypełniony modlitwą, umartwieniami, praktykami pokutnymi, postami i medytacjami.
Masakra ludności dokonana w 1860 r. przez okupujących Liban Turków otomańskich, której ofiarą padło wiele tysięcy libańskich chrześcijan, wywarła wielki wpływ na ojca Charbela. Jak mógł pomagał szukającym schronienia w klasztorze uciekinierom, a swą modlitwą, pokutą i umartwieniami błagał Boga o miłosierdzie dla prześladowanych chrześcijan i ich muzułmańskich prześladowców. Wierny nauce Chrystusa wierzył, że aby zmieniać świat na lepsze należy samemu dążyć do świętości, należy złu przeciwstawić dobro a nienawiści miłość.
Po 16 latach pobytu w klasztorze św. Marouna ojciec Charbel uzyskał zezwolenie władz zakonnych na zamieszkanie w położonej w górach, niedaleko klasztoru, pustelni świętych Piotra i Pawła. Tam, przebywając w odosobnieniu, milcząc, modląc się i umartwiając, zamierzał jeszcze bardziej zbliżyć się do Chrystusa. Czas wypełniała mu modlitwa, kontemplacja, umartwianie oraz praca fizyczna. Pod habitem nosił włosienicę, spał na twardej ziemi tylko kilka godzin na dobę, raz dziennie jadł skromny, bezmięsny posiłek z tego co zostało innym zakonnikom. Szczególnym nabożeństwem ojciec Charbel darzył Eucharystię. Codziennie odprawiał Mszę Św. spędzając cały ranek na przygotowaniu się do niej, a po jej odprawieniu przez kilka godzin trwał w dziękczynieniu. Wiele czasu, o różnych porach dnia i nocy, poświęcał na adorację Najświętszego Sakramentu oraz na odmawianie różańca przed obrazem Matki Boskiej. W pustelni spędził ostatnie 23 lata swego życia.
16. grudnia 1898 r. podczas odprawiania Mszy Św. ojciec Charbel dostał udaru mózgu. Stało się to podczas Podniesienia, gdy, zgodnie z maronicką liturgią, trzymając w ręku hostię odmawiał modlitwę prosząc Boga o przyjęcie jego ofiary. Zmarł osiem dni później, w Wigilię Bożego Narodzenia 24. grudnia 1898 r. i został pochowany na przyklasztornym cmentarzu.