Częste ukazywanie się tajemniczego światła wraz z entuzjazmem wiernych, których podniecenie nie mogło zaakceptować nic mniej niż ekshumacja zwłok Ojca Szarbela, skłoniło Przełożonego i księży z klasztoru do otwarcia grobu. Tak się też stało i pokazano ciało nienaruszone, pomimo że było częściowo zanurzone w wodzie i błocie. Te spostrzeżenia zostały należycie opisane i grób ponownie szczelnie zamknięty. Przełożony udał się na spotkanie z Ojcem Generałem Zakonu Joseph’em El-Ser’aly i Jego Świątobliwością Patriarchą Elias’em Hayek. Pojechał prosić o zgodę na otwarcie grobu i przeniesienie ciała w bardziej szacowne miejsce pochówku.
W pierwszej chwili Patriarcha odmówił tej prośbie. Obawiał się, że przeniesienie ciała stworzy kult publiczny zabroniony przez dekrety kościelne. Jednak zalecił aby podjęto wszelkie kroki zapobiegające dostawaniu się wody i błota do grobu. Wkrótce jednak zdał sobie sprawę, że niemądrym będzie pozostawienie ciała w miejscu tak żarliwej religijności, gdzie ktoś mógłby wykraść je z grobu. Dlatego wydał zgodę na ekshumację ciała i umieszczenie go z zapieczętowanej trumnie, która będzie mogła zostać ukryta w sekretnym miejscu dla uniknięcia nielegalnego kultu.
Tak więc zaledwie w cztery miesiące po pogrzebie Ojca Szarbela, w zgodzie z zaleceniami Patriarchy, grób został otwarty w obecności duchownych i świeckich świadków. Było to 15 kwietnia 1899 roku.
Siedmiu świadków, którzy mogli wejść do krypty aby na deskach wyciągnąć ciało, złożyło pod przysięgą podczas przesłuchania przed komisją kościelną zeznania na temat stanu zwłok.