W klasztorze w Annaya ojciec Charbel spędził szesnaście lat, praktykując posłuszeństwo wobec przełożonych i ścisłe przestrzeganie reguł zakonnych. Prowadził proste życie ascezy i umartwienia, starając się ograniczać swoje potrzeby. Skupiał się przede wszystkim na służbie Bogu i na zbawieniu swojej duszy. Jako zakonnik z zasady nie opuszczał klasztoru, jednak za zgodą przeora odwiedzał chorych, służąc im modlitwą i darem uzdrawiania.
Około roku 1873 został wezwany do umierającego chłopca o imieniu Najib, pochodzącego ze znaczącej rodziny libańskich Beik Al-Khoury. Najib zachorował na tyfus, od kilku dni leżał w śpiączce, lekarze ocenili jego stan jako krytyczny. Charbel przyszedł do chorego w nocy, nie chcąc, aby ktoś postronny zauważył go poza klasztorem. Zamoczył chusteczkę w wodzie święconej i modląc się, dotknął głowy umierającego. Gdy Najib otworzył oczy, mnich powiedział: "Chwała niech będzie Bogu, który go uzdrowił. Dajcie mu coś do jedzenia". Uzdrowiony Najib Beik Al-Khoury stał się później wybitnym lekarzem, który opiekował się Charbelem, gdy ten niedomagał na starość.
Zapisano wiele relacji o cudownych zdarzeniach, które dokonały się dzięki modlitwom Charbela. Jedno ze świadectw przedstawia przypadek wyleczenia z choroby psychicznej Gabriela, młodego mężczyzny z miejscowości Ehmej. Wielu ludzi było przerażonych, widzac Gabriela, gdy rozdzierał ubranie, rzucał obelgi czy biegał nago po polach. Pewnego dnia próbował nawet popełnić samobójstwo, strzelając do siebie. Rodzina Gabriela postanowiła zaprowadzić go do ojca Charbela. Kilku mężczyzn z wielkim trudem przywiozło rzucającego się i roznegliżowanego chorego do klasztoru w Annaya, lecz niebyli w stanie wprowadzić go do kościoła. Wtedy wyszedł ojciec Charbel, rozkazał mu pójść za sobą i klęknąć przed tabernakulum. Gabriel posłusznie wykonał polecenia i skrzyżował dłonie w geście modlitwy. Zakonnik odczytał fragment Ewangelii i położył swoje ręce na głowie chorego. Gabriel rozpłakał się i został natychmiast uzdrowiony. Poprosił o ubranie i wyszedł spokojny z kościoła. Objawy choroby definitywnie zniknęły. Po latach, z żoną i gromadą dzieci, wyjechał do Stanów Zjednoczonych.
Słynnym cudem wymodlonym przez świętego zakonnika było uratowanie plonów przed szarańczą, która obległa pola uprawne w okolicy klasztoru w Annaya. Miejscowej ludności groziła klęska głodu. Przełożony polecił ojcu Charbelowi, aby poszedł modlić się na pola zaatakowane przez owady. Gdy Ojciec Charbel pokropił uprawy wodą święconą, chmura szarańczy zniknęła.
W: E. Maakaroun, Św. Charbel Prorok Miłości, Wyd. Esprit, Kraków 2014.