16 grudnia 1898 roku podczas odprawiania Mszy Świętej ojciec Charbel doznał udaru mózgu i uległ paraliżowi. Przez osiem dni umierał w bolesnej agonii, znosząc ją w głębokim pokoju. Umierając, powtarzał modlitwę, której nie dokończył podczas Mszy: "Ojcze Prawdy, oto Twój Syn, który ofiarowuje się Tobie, by oddać Ci chwałę...". Wypowiadał także imiona Jezusa, Maryi, Józefa oraz Piotra i Pawła, którzy byli patronami pustelni. Zmarł w Wigilię Bożego Narodzenia 24 grudnia 1898 roku.
W tym dniu padał obfity śnieg i wiał mroźny wiatr. Droga do eremu została zasypana, więc nie było możliwości przekazania wiadomości o jego śmierci. Stała się jednak rzecz niezwykła, młodzi mężczyźni z pobliskich wiosek odkopali śnieg i dotarli do eremu, mając wewnętrzne przeświadczenie, że ojciec Charbel właśnie przeszedł do Domu Ojca. Przenieśli ciało zmarłego eremity do klasztoru w Annaya. W dzień Bożego Narodzenia ojciec Charbel został pochowany zgodnie z zakonną regułą bez trumny, jako ubogi mnich w zbiorowym grobie na dziedzińcu klasztoru. "Straciliśmy błyszczącą gwiazdę, która swoją świętością ochraniała Zakon, Kościół i cały Liban" - powiedział przeor. - "Módlmy się, aby Bóg uczynił go naszym patronem, który będzie nas strzegł i prowadził przez ciemności ziemskiego życia".
W: E. Maakaroun, Św. Charbel Prorok Miłości, Wyd. Esprit, Kraków 2014.